Toyota chwali się, że podobnie jak w przypadku innych modeli, standardowe wyposażenie Toyoty Yaris Cross sprawia, że nie da się wyjechać z salonu "golasem". Rzeczywiście, bez dopłaty w Yarisie Cross znajdą się udogodnienia takie jak klimatyzacja, system multimedialny z Android Auto i Apple CarPlay, a także systemy Toyota Safety Sense, na które składają się układ zapobiegania kolizjom na skrzyżowaniach, wspomaganie kierownicy w razie ryzyka zderzenia, inteligentny tempomat adaptacyjny oraz system automatycznego powiadamiania ratunkowego eCall. Wersje wyposażenia Active, Comfort, Executive, uterenowiona Adventure i limitowana Premiere Edition różnią się liczbą udogodnień oraz ceną, a podstawowa odmiana Active z napędem na przód i silnikiem benzynowym kosztuje 74 900 zł.
