Historia tego modelu zaczęła się wiosną roku 1950, gdy zbudowano dwa z ostatecznie trzech powstałych egzemplarzy. Pojazdy te stanowiły kontynuację programu Š966 Sport/Supersport – wyczynowych pojazdów przygotowanych jesienią 1949 roku do zmagań na torach. Od swych poprzedników, wyposażonych w opływowe karoserie zakrywające koła, różniły się przede wszystkim lżejszymi nadwoziami typu monopost, z kołami osłoniętymi błotnikami typu motocyklowego.
Do dzisiaj przetrwała tylko jedna sztuka z tej krótkiej serii. Prezentowana na zdjęciach Skoda 966 Supersport odzyskała swój blask dzięki pieczołowitej pracy specjalistów marki. To jeden z najefektowniejszych okazów czechosłowackiej sceny wyścigowej lat 50. Egzemplarz ten należał do słowackiego kierowcy wyścigowego Ivana Mičíka. Skoda odkupiła pojazd w 2007 roku, rozpoczynając szeroko zakrojone prace renowacyjne. Sportowy wóz z wyglądu zawiera pełną autentyczność samochodu według specyfikacji z 1953 roku.
Zobacz też: Skoda Fabia R5: trwają testy rajdowej wersji nowości - WIDEO
Skoda podejmowała równoległą rywalizację w dwóch klasach pojemnościowych: 1100 ccm oraz 1500 ccm. W pierwszej wersji modelu 966 wykorzystywano atmosferyczny silnik 1089 ccm (moc ok. 60 KM, a w wersji zasilanej paliwem alkoholowym 80 KM). Druga wersja silnika 1089 ccm doładowana kompresorem Roots Ro15, dysponowała mocą 120 KM. W sezonie 1952, wykorzystując regulację nowego regulaminu Skoda powiększyła pojemność silnika do 1221 ccm. Doładowana odmiana tej jednostki dysponowała aż dwoma kompresorami Roots (Ro15 oraz Ro10), pozwalającymi na osiągnięcie mocy 140 KM. Do czasów współczesnych zachowała się druga wersja silnika - motor ten przeszedł gruntowną renowację i napędza odrestaurowaną Skodę 966 Supersport.
Dziś w pełni sprawna Skoda 966 Supersport prezentowana jest w muzeum marki w Mlada Boleslav.