Szokującą relację Moniki (imię zostało zmienione) na temat spotkań z biskupem, w reportażu opublikowała Gazeta Wyborcza. Kobieta opowiada w nim jak biskup dotykał jej piersi, kąsał w uszy, wsadzał ręce między uda i prosił, by mówić do niego „Jasiu” - tak jak nazywała go mama. By nie wzbudzać podejrzeń wcześniej zaprzyjaźnił się z rodziną dziewczyny, w prezencie jej bliskim ofiarował obrazki świętych i różańce prosto z Watykanu. Bywał na obiadach.
Po wybuchu skandalu kościelny dostojnik zniknął. Mieszkanie przy ulicy Kanoniczej, gdzie jeszcze w zeszłym tygodniu widywano bpa Szkodonia zamknięte jest na głucho. To tutaj, lata temu odwiedzać miała go nastoletnia Monika. Duchowny wyjechał potajemnie krótko przed publikacją oskarżycielskiego tekstu. Obecnie, jak zapewnia ks. Łukasz Michalczewski, rzecznik krakowskiej kurii, przebywa w odosobnieniu poza terenem archidiecezji krakowskiej i do czasu wyjaśnienia sprawy nie będzie prowadził działalności duszpasterskiej. Postępowanie wyjaśniające wobec bpa prowadzi też watykańska Kongregacja Nauki Wiary. Do zarzutów odniósł się sam biskup. W specjalnym oświadczeniu opublikowanym na stronach Archidiecezji Krakowskiej napisał:
Bp Jan Szkodoń przebywa poza Archidiecezją Krakowską. Powodem są wysuwane wobec niego oskarżenia. Ufamy w pełni podjętej przez Kongregację procedurze i oczekujemy szybkiego poznania prawdy w duchu nauczania papieża Franciszka – powiedział ks. Łukasz Michalczewski, rzecznik prasowy krakowskiej kurii.
Co ciekawe, w przeszłości w sprawie o molestowanie nieletniej toczyło się postępowanie prokuratorskie. Dochodzenie skończyło się umorzeniem ze względu na przedawnienie - zeznania krakowianki dotyczyły zdarzeń sprzed dwudziestu pięciu lat, gdy ta była nastolatką.
Bp pomocniczy Jan Szkodoń: - Stanowczo oświadczam, że przedstawione mi oskarżenia są nieprawdą oraz że godzą w moje dobre imię, którego zamierzam bronić. Do czasu wyjaśnienia sprawy, nie będę podejmował żadnej pracy duszpasterskie.