Przebudowywane są dwa stare perony, które teraz będą wyższe, dłuższe i będą miały zadaszenie. Powstaje też całkiem nowy peron - to z myślą o pociągach aglomeracyjnych. Perony zostaną wyposażone w nowe oświetlenie, monitoring i systemy nagłaśniające. Pojawi się nowoczesny system informacji pasażerskiej. Przed niekorzystnymi warunkami atmosferycznymi podróżnych chronić będą 200-metrowe wiaty.
Zmieni się także przejście podziemne - będzie poszerzone i wydłużone oraz dostosowane do potrzeb osób starszych i niepełnosprawnych. Przejście zapewni szybkie dojście do poszczególnych peronów, dworca, oraz ulic Dworcowej i Prokocimskiej. To wszystko ma sprawić, że w 2021 roku Kraków Płaszów stanie się wygodnym węzłem przesiadkowym gdzie będą zatrzymywać się zarówno pociągi dalekobieżne, jak i aglomeracyjne.
Przebudowa stacji Kraków Płaszów to element największej inwestycji PLK w Krakowie – modernizacji linii E30 na odcinku Kraków Główny Towarowy - Rudzice. Poza przebudową stacji Kraków Płaszów, wybudowane zostaną dwa nowe przystanki kolejowe (Kraków Grzegórzki i Kraków Złocień), a sześć zostanie odnowionych. Pomiędzy stacjami Kraków Główny i Kraków Płaszów powstają dwa nowe tory kolejowe, dzięki którym przewoźnicy będą mogli uruchomić więcej pociągów dalekobieżnych i aglomeracyjnych.