Każdy ośrodek, który chce prowadzić badania kliniczne, musi najpierw uzyskać na nie pozwolenie. Wydaje je prezes Urzędu Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Produktów Biobójczych. Musi także uzyskać pozytywną opinię komisji bioetycznej działającej przy okręgowej izbie lekarskiej czy też przy instytucjach naukowych lub uniwersytetach medycznych. W skład komisji wchodzą nie tylko lekarze, ale także np. etyk i ksiądz.
Zgodnie z ustawą Prawo farmaceutyczne badanie kliniczne prowadzone jest zgodnie z Dobrą Praktyką Kliniczną (z ang. Good Clinical Practice GCP). Określa ona sposób planowania, prowadzenia, monitorowania, dokumentowania i raportowania wyników badań klinicznych prowadzonych z udziałem ludzi.
Zgodnie z przepisami ustawy Prawo farmaceutyczne kontrolę nad prowadzeniem badań klinicznych sprawuje prezes Urzędu Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Produktów Biobójczych.