Centrum Edukacyjnemu Libertia zarzucono między innymi:
- wykazywanie wychowanków w Młodzieżowym Ośrodku Socjoterapii nieposiadających stosownych orzeczeń o potrzebie kształcenia specjalnego ze względu na niedostosowanie społeczne;
- wykazywanie podopiecznych Niepublicznej Poradni Psychologiczno-Pedagogicznej „Centrum Wspierania Rozwoju”, nieposiadających stosownych opinii o potrzebie wczesnego wspomagania rozwoju;
- wykazywanie słuchaczy Prywatnej Policealnej Szkoły Libertia dla młodzieży, przy braku potwierdzenia ich obecności na zajęciach w postaci własnoręcznie podpisanych list obecności;
- ujęcie w rozliczeniu dotacji faktur na prace remontowo-budowlane, które faktycznie nie miały miejsca w placówce;
- finansowanie wynagrodzenia za godziny nauczycieli i terapeutów, które w rzeczywistości nie zostały zrealizowane;
- ujęcie w rozliczeniu dotacji faktur związanych z udziałem nauczycieli, terapeutów oraz słuchaczy szkoły policealnej w fikcyjnych szkoleniach;
- finansowanie ze środków dotacji wynajmu domu dla dyrektora szkoły;
- finansowanie ze środków dotacji przejazdów taksówkami bez uzasadnienia celu podróży i wiele innych.
Do wykrycia nieprawidłowości przyczyniła się praca miejskich urzędników z Wydziału Audytu i Kontroli. Dyrektorka tej jednostki Agnieszka Sobol, dysponując wiedzą przekazaną przez swoich podwładnych złożyła zeznania na policji i tym samym naprowadziła funkcjonariuszy na trop afery.
Z kolei prezydent Tarnowa zaapelował do parlamentarzystów ziemi tarnowskiej, aby doprowadzili oni do zmian legislacyjnych uniemożliwiających dokonywanie podobnych przestępstw w przyszłości.