Szkolny kompleks, który wszedł w skład Centrum Edukacyjnego Jabłoniowa w dzielnicy Jasień, składa się z trzech budynków (A, B i C). Pomieścić może nawet 750 uczennic i uczniów. W trzykondygnacyjnym budynku dydaktycznym zbudowano 25 oddziałów szkolnych. Znajdują się tu sale lekcyjne, biblioteka, szatnie dla uczniów i pracowników, węzły sanitarne i pomieszczenia socjalne, do tego pomieszczenia administracyjne wraz gabinetami lekarskimi, świetlica i stołówka z zapleczem kuchennym.
W drugim, dwukondygnacyjnym budynku dydaktycznym, mieści się 21 oddziałów szkolnych. Są tu m. in. gabinety i pracownie przedmiotowe, a także pomieszczenia dla nauczycieli, w tym pokój nauczycielski, gabinet psychologa i pedagoga. Z kolei budynek sali gimnastycznej jest trzykondygnacyjny. Oprócz sali sportowej dla 200 osób, zbudowano tu nowoczesną aulę widowiskowo-konferencyjną dla około 300 użytkowników, zespół sal gimnastycznych, korekcyjnych, a także pokój nauczycielski, pomieszczenia sanitarne i socjalne. W tym budynku jest też sala korekcyjna przystosowana do prowadzenia zajęć artystycznych i tanecznych oraz szatnie, magazyny i pomieszczenia techniczne.
Przy szkole powstał kompleks boisk i plac zabaw, a także parking na 99 samochodów plus 6 miejsc parkingowych na potrzeby osób niepełnosprawnych, miejsce dla autobusu oraz dla blisko 300 rowerów. Szkołę zbudowano w ekologicznej drewnianej technologii. Ma ona drewniane stropy i ściany. Częściowo zbudowana została metodą modułową, z gotowych prefabrykowanych elementów. Jest to pierwsza taka szkoła w Gdańsku i ósma placówka oświatowa wzniesiona w tej technologii.
W roku szkolnym 2019/2020 w SP nr 6 naukę podejmie 550 uczniów w klasach 1-8. Kolejne 100 dzieci trafiło do tutejszych czterech oddziałów przedszkolnych i zerówkowych.