Na mocy umowy podpisanej przez Nadbałtyckie Centrum Kultury (instytucja sprawuje pieczę nad kościołem) oraz Samorząd Województwa Pomorskiego, zabytkowy kościół w samym centrum Gdańska otrzyma 9 mln zł dotacji. Prace konserwatorskie obejmą m.in. ołtarz główny, kaplicę żeglarzy, epitafium Jana Storcha czy emporę południową.
Na tym jednak nie koniec. Do kościoła wrócą też stare organy boczne z XVIII rodowodem. Instrument nie zachował się do dzisiejszych czasów w całości, dlatego część organów będzie odtworzona. Kościół św. Jana od dawna pełni jednak nie tylko funkcje sakralne, ale i kulturalne.
Dlatego część dofinansowania zostanie przeznaczona na elementy, które posłużą umocnieniu pozycji świątyni na kulturalnej mapie Gdańska. Poddasze zostanie zaadaptowane do celów wystawienniczych, a sam kościół będzie poddany cyfrowej inwentaryzacji. Dzięki temu będzie można m.in. odbyć wirtualny spacer po świątyni.