Stołeczny ratusz chce przejąć część zbiorów w zamian za umorzenie długów placówki. W tej chwili muzeum zalega dwa miliony złotych za użytkowanie pomieszczeń w Pałacu Kultury i Nauki.
Andrzej Kropiwnicki, radny PiS uważa, że muzeum ma obowiązek przekazania zbiorów do nowej jednostki. To dlatego, że miasto już wcześniej próbowało ratować placówkę. Na przykład przez brak eksmisji za długi.
Z kolei muzeum chciało uratować zbiory przez współpracę z prywatną firmą, ale warszawski ratusz nie dał na to zgody. Zdaniem urzędników, byłoby to złamaniem prawa.