Na linii nr 6 Warszawa – Małkinia od 4 do 10 września pociągi będą kursowały po jednym czynnym torze na odcinku Wołomin – Tłuszcz. Od 11 do 17 września pociągi będą kursowały po dwóch torach na odcinku Wołomin – Tłuszcz, przy czym po jednym z nich z tzw. ograniczeniami eksploatacyjnymi. Od 18 września do 15 października podróże będą odbywały się bez utrudnień.
Na linii nr 8 Warszawa – Radom rozkład jazdy nie ulegnie dużej zmianie. Część pociągów będzie odwołana, niektóre będą kursowały w skróconej relacji, a pociąg „Radomiak" będzie kursował trasą okrężną przez CMK. Za odwołane pociągi na odcinku Czachówek – Góra Kalwaria będzie uruchomiona zastępcza komunikacja autobusowa. Dla zmniejszenia uciążliwości niektóre pociągi nadal będą miały więcej wagonów.
Na linii nr 9 Warszawa – Działdowo od 13 do 15 października pociągi będą kursowały wg zmienionego rozkładu jazdy. Na odcinku Warszawa Wschodnia – Modlin odwołany zostanie para pociągów. Pojadą trasami: Warszawa Lotnisko Chopina (odj. 16:50) – Warszawa Wschodnia (przyj. 17:22) i Warszawa Wschodnia (odj. 17:55) – Warszawa Lotnisko Chopina (przyj. 18:27).
Na linii nr 27 Sierpc – Nasielsk od 5 września od godz. 9 do 10 września do godz. 18 pociągi będą odwołane. W zamian na odcinku Płońsk - Dalanówek będzie uruchomiona zastępcza komunikacja autobusowa.
Na linii nr 29 Tłuszcz – Ostrołęka przez cały wrzesień będą trwały prace utrzymaniowe infrastruktury kolejowej i rozkład jazdy będzie ulegał częstym zmianom.
Największe utrudnienia są związane z zamknięciem odcinków:
Mostówka - Wyszków 5-16 września codziennie oprócz niedziel oraz 20 września w godz. 8.30 – 18.30,
Mostówka - Wyszków od 17 września godz. 8.30 do 19 września godz. 8.30,
Wyszków - Przetycz 22 i 23 września w godz. 9.00 – 19.00,
Pasieki - Gierwaty od 26 do 29 września w godz. 8.20 – 18.20.
Na tych odcinkach będzie kursowała zastępcza komunikacja autobusowa.