Nowy kolejowy rozkład jazdy będzie nieznacznie różnił się od obecnie obowiązującego. Nowością będą dodatkowe kursy SKM linii S2 i S3 zapewniające wyjazd z centrum Warszawy po godzinie 23. Ostatni pociąg ze stacji Warszawa Lotnisko Chopina będzie odjeżdżał o godzinie 23.20. Nieznacznie zmienią się także godziny odjazdów pociągów lotniskowych (linie S2, S3 i RL) z Lotniska Chopina. Będą one wyruszały 4 minuty później. Jest to związane z modyfikacją połączeń PKP Intercity na dalekobieżnej linii średnicowej. Okresowo – w związku ze zmianami w połączeniach Kolei Mazowieckich na linii radomskiej – nie będą uruchamiane pociągi wahadłowe kursujące na odcinku Warszawa Zachodnia – Warszawa Służewiec.
Na ruch pociągów SKM S9 nadal istotny wpływ będzie miało zamknięcie jednego z torów na moście Gdańskim. Na odcinku Warszawa Gdańska – Warszawa ZOO zostanie utrzymany ruch jednotorowy. Zostanie jednak uruchomione dodatkowe połączenie o godzinie 15.59 z Warszawy Zachodniej.