To ważna inwestycja w kontekście planowanego generalnego remontu dalekobieżnej trasy średnicowej. W jego trakcie to właśnie na Warszawę Gdańską mają przyjeżdżać pociągi zwykle docierające do Dworca Centralnego. Aby móc przyjąć tyle wagonów i tylu pasażerów potrzeba poważnych zmian.
Konieczna będzie rozbudowa tunelu pod peronami i zamontowanie tam ruchomych schodów. Na stacji wybudowana zostanie też kładka dla pieszych od strony ulicy Kłopot. W ramach inwestycji wybudowany zostanie także łącznik peronów stacji Warszawa Gdańska z wiaduktem w ciągu ulicy Andersa/Mickiewicza.
Pierwszy przetarg na te prace ogłoszono w sierpniu zeszłego roku, inwestycja złapała więc już kilkumiesięczny poślizg. Przebudowa trasy średnicowej ma się z kolei rozpocząć w 2022 roku. i do tego czasu z rozbudową Warszawy Gdańskiej trzeba się wyrobić.