Jak podaje Rzeczpospolita za funkcjonowanie szpitala odpowiada Agencja Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji. Zasady przyjmowania pacjentów zostały określone na podstawie analiz z innych krajów np. USA czy Francji. W rzeczywistości szpital na PGE Narodowym nie odciążą stołecznych placówek. Według danych Rzeczpospolitej w poniedziałek, 23 listopada na 285 miejsc hospitalizowanych było wyłącznie około 20 pacjentów. Wielu chorych nie spełnia kryteriów wymaganych do przyjęcia.
Szpital stoi niemal pusty, a koszty rosną.Każdy dzień pracy szpitala tymczasowego to ponad 700 tys. zł! Za miesiąc utrzymania 500 miejsc dla chorych, w tym 50 stanowisk intensywnej terapii trzeba więc zapłacić 21,5 mln zł.! Te wydatki nie są pokrywane ze składek NFZ, ale bezpośrednio z budżetu państwa.