W 2004 roku Gabriela Kownacka dowiedziała się, że ma raka piersi. Leczenie przynosiło pozytywne skutki, aktorka zaczęła wracać do zdrowia i do pracy na planie serialu "Rodzina zastępcza". Nie chciała jednak rozmawiać o swojej chorobie. Maryla Rodowicz wspominała później w "Fakcie", że Kownacka totalnie odcięła się od znajomych.
- Nawet na planie jej choroba była tematem tabu. Mało kto miał jakieś wieści o Gabrysi. Chciałam też odwiedzić ją w domu, ale ona nie chciała żadnych telefonów. Producentka serialu uprzedziła nas, żeby do niej nie chodzić, bo nikt nie ma tam wstępu. Zawsze była piękna i zapewne nie chciała się pokazać w złej formie - mówiła Maryla Rodowicz.
NIE PRZEGAP: Doda z zarzutami! Były mąż piosenkarki, Emil S. zatrzymany
4 lata później jej stan gwałtownie się pogorszył, lekarze zdiagnozowali u niej nowotwór mózgu. Wtedy Gabriela Kownacka totalnie odcięła się od ludzi i świata zewnętrznego. Do końca opiekowali się nią syn i były mąż, jednak nikogo więcej nie chciała widzieć.
- W chorobie odizolowała się psychicznie i fizycznie od wszystkich i wszystkiego. Kiedyś poszłyśmy na wernisaż i żartowała, że kiedy zauważy, że mężczyźni przestali oglądać się za nią na ulicy, to przestanie żyć. Kiedy przestała być piękną i atrakcyjną kobietą, nie chciała mieć z nikim kontaktu - wspominała Laura Łącz w rozmowie z "Angorą".
Gabriela Kownacka spoczęła na cmentarzu Ewangelicko-Augsburskim na Woli