Gdy Jacek Kaczmarski był z trasą koncertową we Francji, w Polsce ogłoszono stan wojenny, muzyk pozostał na Zachodzie. Mieszkał m.in. w Monachium, gdzie był członkiem Redakcji Rozgłośni Polskiej Radia Wolna Europa. W 1990 roku powrócił do Polski. Mimo sukcesów zawodowych, mierzył się w życiu osobistym z alkoholizmem oraz problemami finansowymi. W roku 1995 Jacek Kaczmarski wraz z drugą żoną Ewą i 7-letnią córką Patrycją Volny (36 l.), dzisiaj znaną aktorką, osiedlił się w Australii. To właśnie tam dowiedział się, że ma raka przełyku. Nie zdecydował się na zabieg wycięcia ognisk nowotworu ze względu na złe rokowania operacyjne, stosował alternatywne metody leczenia w Centrum Rehabilitacji i Regeneracji Onkologicznej w Innsbrucku. Na początku 2003 przeszedł zabieg tracheotomii. W późniejszym czasie leczył się u jednego z warszawskich znachorów, który kilka lat po jego śmierci okazał się oszustem. Kilka miesięcy przed śmiercią całkowicie stracił głos. 10 kwietnia 2004 w szpitalu w Gdańsku stracił przytomność i zmarł tego samego dnia około godziny 18:30. Przed śmiercią został ochrzczony w wyznaniu rzymskokatolickim.
Po latach wyszło, że Kaczmarski znęcał się nad swoją rodziną fizycznie i psychicznie. Miał jeszcze syna, Kosmę. Jego córka wyjawiła, że artysta był agresywnym pijakiem, który wyzywał najbliższych i bił jej matkę. Jej wywiad odbił się szerokim echem. Niektórzy mieli jednak pretensje, że córka w taki sposób przedstawiła historię wykonawcy słynnych "Murów", "Snu Katarzyny" i "Jałty". Należał do nich m.in. reżyser Andrzej Saramonowicz.