Janusz Morgenstern urodził się na wschodnich kresach, na Podolu (obecnie Ukraina) i tam też spędził większą część swojej młodości. Reżyserem został przypadkiem. Już po wojnie okazało się, że cierpi na klaustrofobię, co miało go pchnąć w stronę wsi – Morgenstern miał być rolnikiem. Podjął jednak studia na Wydziale Reżyserii PWSFTviT w Łodziza namową jednego z kolegów. Wcześniej nie wiedział,że takie studia istnieją.
Na początku kariery Morgenstern był asystentem reżysera w filmach Wandy Jakubowskiej i Andrzeja Wajdy (Kanał). Był II reżyserem w filmach Lotna, Pokolenie, Popiół i diament.
Największy rozgłos przyniosły mu filmy: debiutancki „Do widzenia, do jutra” oraz „Jowita”. Większości Polaków znany był jednak jako reżyser kultowych polskich seriali: „Stawka większa niż życie” i „Kolumbowie” oraz późniejszego „Polskie drogi”.
>>> Zobacz odcinki STAWKI WIĘKSZEJ NIŻ ŻYCIE ONLINE
Od 1990 roku Janusz Morgenstern zajął się również produkcją filmową. Dzięki niemu powstało wiele wybitnych filmów, m. "Europa, Europa", "Korczak" czy cykl "Swięta polskie".
Ostatni raz publicznie pokazał się 7 kwietnia 2011 r. w Łodzi, gdzie odsłonił swoją gwiazdę w Alei Gwiazd na ulicy Piotrkowskiej. Jak zwykle towarzyszyła mu zona Krystyna. Państwo Morgensternowie przeżyli razem prawie pół wieku
Janusz Morgenstern nie doczekał premiery nowego filmu o Klossie i Brunnerze, "Podwójna stawka".
Patrz też: Hans Kloss i Brunner znów na planie! Stanisław Mikulski kręci film "Kloss - podwójna stawka"