Kontrowersje wokół filmu „Kamienie na Szaniec” dotyczą głównie nieścisłości historycznych związanych z przebiegiem Akcji pod Arsenałem i samych okoliczności śmierci jednego z bohaterów. Reżyser filmu, Robert Giliński zaznacza jednak, że jego intencją „nie była jednak rekonstrukcja faktów, ani tym bardziej weryfikowanie relacji świadków przedstawianych zdarzeń”.
Sposób przedstawienia w filmie Akcji po Arsenałem na łamach „Naszego Dziennika” mocno skrytykował harcmistrz Markej Podwysocki.
– To jest film w stylu „Mściciela” z Clintem Eastwoodem. Taki western z szybką, żwawą akcją, tyle tylko że to nie ma nic wspólnego z „Kamieniami na szaniec” i harcerstwem. Reżyser, zdaje się, nie odrobił lekcji i w ogóle nie wiedział, czym były Szare Szeregi. Akcja pod Arsenałem, która uważana jest za jedną z najlepiej przeprowadzonych operacji polskiego podziemia, pokazana jest tu jako chaos i bałagan, gdzie nikt nad niczym nie panuje- powiedział harcmistrz, który podobno czytał scenariusz.
Zobacz też: OSCARY 2014: Relacja, transmisja, stream online - jak, gdzie, kiedy, o której OGLĄDAĆ
Pojawiają się również głosy, jakoby w filmie miały się pojawić odważne sceny erotyczne. Jednak według osób mających styczność ze scenariuszem- sceny nagości są dwie, i to bardzo subtelne.