Mikołaj to syn Hanny Śleszyńskiej i jej pierwszego męża Wojciecha Magnuskiego. Nie zajmuje się aktorstwem jak jego mama i młodszy przyrodni brat. Podobnie jak jego świeżo upieczona żona Aleksandra Kołodziej, jest neurokognitywistą, czyli osobą, która zgłębia tajniki mózgu.
Ślub Mikołaja Magnuskiego i jego pięknej ukochanej odbył się we wrześniu 2019 roku, jednak dopiero teraz Kuba opublikował zdjęcie z uroczystości. Wesele miało miejsce natomiast w Domu Pracy Twórczej Reymontówka w Chlewiskach pod Siedlcami.