Zdzisław Augustyn Malinowski był także malarzem. Przez jego mieszkanie przy ulicy Kręckiego 3 w Gdańsku Oliwie przewijały się tłumy. Poeta, jak miał w zwyczaju swoich gości zwykł częstować marynowanymi grzybkami. Tak było także feralnej nocy z 8 na 9 listopada 1989 roku, gdy został zamordowany. Ciało mężczyzny znalazli jego młodsza o 10 lat siostra Alicja i przyjaciel z Warszawy - Marek, poznany wcześniej na Jarmarku Dominikańskim. Na stole stały dwie butelki po winie i borowiki w occie. Ofiara zginęła od ciosów nożem. Z mieszkania zginęły także cztery aparaty fotograficzne, magnetowid, radiomagnetofon i kasety wideo.
Milicji nie udało się złapać sprawców zbrodni. W środowisku zaczęto plotkować, że śmierć Malinowskiego może być związana z akcją "Hiacynt", która uderzała w polskie środowisko homoseksualistów. Spekulowano, że poeta mógł być szantażowany przez Służbę Bezpieczeństwa i zmuszony do współpracy. Nigdy jednak jego "różowej teczki" nie znaleziono.
Sprawę morderstwa szybko zakończono. Nie przesłuchano ważnych świadków ani nie sprawdzono alibi niektórych podejrzanych. Jednym z nich był właściciel mieszkania, które ponajmował, Mieczysław Czychowski, z którym Malinowski miał konflikt. Od lat jednak już nie żyje. Mordercą może być także jeden z kochanków poety. Policyjne Archiwum X w 2018 roku wznowiło śledztwo w sprawie zabójstwa Zdzisława Augustyna Malinowskiego.
Zdzisław Augustyn Malinowski pochowany jest na Cmentarzu Łostowickim w Gdańsku.