Wiele czystych niegdyś jezior obecnie ma niewielkie walory estetyczne, rekreacyjne i użytkowe, a jakość wody może stanowić poważne zagrożenie dla zdrowia. Powodem pogorszenia stanu ekologicznego jezior jest eutrofizacja ich wód, znacznie spotęgowana działalnością człowieka. Główną jej przyczyną są pierwiastki biogenne, przede wszystkim fosfor i azot, których głównymi źródłami są: dopływ ścieków, rozkład materii organicznej, nawożenie upraw, erozja gleb i atmosfera - źródło azotu.
Efektem dużego dopływu substancji biogenicznych do jeziora są m.in. bujny rozwój roślinności wodnej - głównie glonów i sinic, stopniowe zapełnienie zbiorników rozkładającą się materią organiczną, wyniszczenie wielu najwrażliwszych tlenowych organizmów, w tym najwartościowszych ryb. Najgroźniejszym skutkiem eutrofizacji są zakwity sinicowe, które z uwagi na towarzyszące im toksyny ograniczają wykorzystanie wód i do celów gospodarczych, i w kąpieliskach. Walka z nimi jest bardzo trudna.
Aby poprawiła się jakość wód, konieczne stało się stosowanie zabiegów rekultywacyjnych. Rekultywacja jeziora jest zawsze zabiegiem bardzo trudnym technicznie, z reguły pociągającym znaczne koszty, natomiast uzyskane efekty nie zawsze odpowiadają oczekiwaniom. Pozytywne wyniki rekultywacji w postaci obniżenia trofii jezior Polski uzyskano w nielicznych przypadkach (np. jeziora Winiary i Jelonek w Gnieźnie, Jezioro Długie i Jezioro Starodworskie w Olsztynie).
Zgodnie z Ramową Dyrektywą Wodną (RDW) z dnia 23 października 2000 roku Polska jest zobowiązana do osiągnięcia dobrego stanu wszystkich wód do roku 2015. Już teraz wiadomo, że dyrektywa ta nie zostanie zrealizowana w tym terminie. Problem jest o tyle trudny do rozwiązania, że odcięcie dopływu zanieczyszczeń do zbiorników wodnych nie spowoduje natychmiastowego wyeliminowania zakwitów sinicowych, gdyż zdecydowana pula biogenów zmagazynowana jest w ich osadach dennych.
Zestawienie stanu czystości wód jezior z ich kategorią podatności na degradację pozwala stwierdzić, że w przypadku jezior poddanych niewielkiej presji antropogenicznej o jakości wód w znacznej mierze decydują naturalne cechy jeziora i jego zlewni. Natomiast w przypadku jezior stanowiących odbiorniki ścieków szkodliwa działalność człowieka jest czynnikiem prowadzącym do degradacji tych zbiorników, bez względu na warunki naturalne.