Badanie wariografem jako dowód traktowane jest dopiero od w 2003 roku. Przed nowelizacją kodeksu karnego, badania poligraficzne były traktowane wyłącznie jako ekspertyzy. W 1997 roku "wykrywaczem kłamstw" zbadano dwóch młodych chłopaków, którzy imprezowali razem z Małgorzatą Kwatkowską na dyskotece Alcatraz w Miłoszycach. Z ich zeznań, które wcześniej znalazło się w policyjnej notatce wynikało, że 15-latka widziana była z nieznanym młodym mężczyźnie o imieniu Irek. To wszystko potwierdzili podłączeni do wariografu. Badanie przeprowadzał Jacek Bieńkuński, technik kryminalistyki, który badania wariografem wykonuje od 28 lat. W żadnym z badań nie pojawiły się informacje o Tomaszu Komendzie. Według dwóch młodych mężczyzn Irek miał twierdzić, że jest bratem Małgorzaty. Zarzekał się, że odwiezie ją po sylwestrze samochodem do ciotki.
Według innych świadków do mężczyzny i nastolatki miał dołączyć się człowiek w okularach. Cała trójka widziana była w okolicy posesji i stodoły rodziny R., w której 1 stycznia 1997 roku znaleziono zwłoki Małgorzaty Kwiatkowskiej. Badania wariografem wykonano ponad cztery miesiące po odnalezieniu ciała zamordowanej dziewczyny. Śledztwo prowadziła prokurator Renata Procyk-Jończyk. To ona właśnie zleciła wykonanie badań wariograficznych.
Przypomnijmy, że Ireneusz M., który jest głownym podejrzanym o mord w Miłoszycach, to recydywista, który odsiaduje wyrok za gwałty. Mężczyzna już w 1997 roku był przesłuchiwany przez policję w sprawie zabójstwa Małgosi.