Jacek Rostowski w latach 1988–1995 był wykładowcą w UCL School of Slavonic and East European Studies, University of London. Od 1992 do 1995 pracował także w Centre for Economic Performance, London School of Economics and Political Science (LSE). W 1995 został profesorem mianowanym prywatnej uczelni (nie posiada tytułu naukowego ani stopnia naukowego doktora) i kierownikiem Katedry Ekonomii na Central European University w Budapeszcie.
W latach 1989–1991 pełnił funkcję doradcy ekonomicznego wicepremiera i ministra finansów Leszka Balcerowicza, a w latach 1997–2001 kierował Radą Makroekonomiczną w Ministerstwie Finansów. Od 2002 do 2004 był doradcą prezesa NBP. Doradzał również rządowi Federacji Rosyjskiej w sprawach polityki makroekonomicznej.
Od 2004 zajmował stanowisko doradcy zarządu Banku PEKAO S.A. (zawiesił tę działalność, obejmując urząd ministra). Należy do współzałożycieli Centrum Analiz Społeczno-Ekonomicznych (CASE), zasiadał w radzie tej fundacji (członkostwo zawieszone wraz z objęciem funkcji ministra). Jest autorem publikacji poświęconych problematyce rozszerzonej Unii Europejskiej, polityce monetarnej, kursowej i transformacji gospodarek postkomunistycznych.
16 listopada 2007 został ministrem finansów w pierwszym rządzie Donalda Tuska. W okresie pobytu w Wielkiej Brytanii należał do Partii Konserwatywnej. W 2009 złożył wniosek o przyjęcie do Platformy Obywatelskiej. Został wybrany przez serwis "Emerging Markets" "Ministrem Finansów Roku 2009 Europejskich Rynków Wschodzących". W wyborach parlamentarnych w 2011 z listy PO uzyskał mandat posła VII kadencji w okręgu warszawskim, otrzymując 10 743 głosy. W drugim rządzie Donalda Tuska zachował stanowisko ministra finansów.