Janusz Morgenstern urodził się na wschodnich kresach, na Podolu (obecnie Ukraina) i tam też spędził większą część swojej młodości.
Reżyserem został przypadkiem. Już po wojnie okazało się, że cierpi na klaustrofobię, co miało go pchnąć w stronę wsi – Morgenstern miał być rolnikiem. Przed wyjazdem z Łodzi podjął jednak studia na Wydziale Reżyserii PWSFTviT w Łodzi.
Na początku kariery Morgenstern był asystentem reżysera w filmach Wandy Jakubowskiej i Andrzeja Wajdy (Kanał). Był II reżyserem w filmach "Lotna", "Pokolenie", "Popiół i diament".
Jako reżyser zadebiutował filmem "Do widzenia, do jutra."
Największy rozgłos przyniosły mu filmy: "Do widzenia, do jutra" oraz "Jowita".
Większości Polaków znany był jednak jako reżyser pierwszych polskich seriali: "Stawka większa niż życie" i "Kolumbowie" oraz późniejszego "Polskie drogi".
Od 1990 roku Janusz Morgenstern zajął się również produkcją filmową.
Ostatni raz publicznie pokazał się 7 kwietnia 2011 r. w Łodzi, gdzie odsłonił swoją gwiazdę w Alei Gwiazd na ulicy Piotrkowskiej.