Pasażerowie wylatujący z bagażem rejestrowanym zgłaszają się najpierw w starej części budynku, gdzie znajdują się stanowiska odprawy biletowo-bagażowej, a następnie wychodzą z budynku i przechodzą do nowego obiektu. Osoby podróżujące wyłącznie z bagażem podręcznym i posiadające karty pokładowe udają się od razu do nowego budynku.
Zmodernizowana trasa kolejki do Balic to element połączenia kolejowego Wieliczka Rynek-Kopalnia - Kraków Główny - Kraków Lotnisko, obsługiwanego przez spółkę Koleje Małopolskie. Aby dojechać z Dworca Głównego do Balic, pasażerowie zapłacą 8 zł. Pociągi kursują co pół godziny.
Na trasie stacja Kraków Główny - Kraków Balice powstały trzy nowe przystanki kolejowe: Kraków Uniwersytet Rolniczy, Kraków Zakliki, Kraków Krzyżówka, a istniejące przystanki Kraków Łobzów i Kraków Balice zostały zmodernizowane. Nowe obiekty wyposażone są w wiaty, ławki i oświetlenie, przystosowane są do potrzeb osób o ograniczonych możliwościach poruszania się.