Działalność Komisji Majątkowej od 20 lat wzbudzała wiele kontrowersji. Rzeczoznawcy kościoła zaniżali ceny gruntów, a decyzje o przekazaniu nieruchomości często nie były konsultowane z samorządami. Duchowni od 1989 roku odzyskiwali majątki zagrabione w PRL-u aż do 28 lutego 2011 roku.
Decyzją prezydenta Bronisława Komorowskiego, który 21 stycznia 2011 roku podpisał ustawę likwidacyjną Komisja przestała istnieć.
Przedstawiciele Konferencji Episkopatu Polski zasiadający z przedstawicielami MSWiA w Komisji nie są zadowolenie z efektów jej prac.
Przeczytaj koniecznie: Koniec ze ślubami kościelnymi. Kościół nie da ślubu kobietom w ciąży, narzeczonym bez badań psychiatry
- Ze strony kościelnej mogę powiedzieć, że jesteśmy niezadowoleni z efektów prac Komisji Majątkowej. Komisja nie zaspokoiła roszczeń majątkowych Kościoła w sprawie dóbr, które stracił – mówił cytowany przez PAP mec. Krzysztof Wąsowski, współprzewodniczący Komisji ze strony kościelnej.
Do końca lutego Komisja przekazała Kościołowi ponad 143 milionów złotych odszkodowań, ponad 65 tysięcy hektarów ziemi w ramach rekompensat, pozytywnie rozpatrzyła ponad 2400 spraw, ale duchownym to jak widać nie wystarcza.