Od połowy marca Episkopat Polski i przedstawiciele rządu negocjują jak przeprowadzić likwidację Funduszu Kościelnego i skąd duchowni mają brać pieniędze na opłacanie swoich składek zdrowotnych i społecznych do ZUS.
Na samym początku rozmów minister administracji i cyfryzacji Michał Boni zaproponował, by po likwidacji Funduszu Kościelnego zamiast 1 proc. podatku (czego chciał Episkopat Polski) Polacy oddawali Kościołowi 0,3 proc. swoich podatków. Z wyliczeń wynika, że Kościół mógłby w ten sposób zyskać nawet 100 mln złotych rocznie.
Na taką kwotę nie godzą się jednak duchowni. Jak czytamy w "Rzeczpospolitej" Kościół proponuje od 0,5 do 0,6 proc. odpisu z podatków. Kościół i rząd targują się, a żadna ze stron nie chce ustąpić. Minister Boni we wtorek, 22.05.2012, ma przedstawić rządowi na jakim etapie są rozmowy z Episkopatem Polski.
Duchowni i rząd nie zgadzją się też co do długości okresu przejściowego, w którym budżet państwa wyrównywałby różnicę pomiędzy początkowymi wpływami z podatków, a dotychczasową wysokością Funduszu Kościelnego. Rząd mówi o dwóch latach, Kościół twierdzi, że to za krótko.
Wielu podatników podchodzi sceptycznie do pomysłu, by oddawać na Kościół pieniądze z podatków. Uważają, że tylko katolicy powinni płacić na swoich księży.