Świątynia Opatrzności jest od lat dotowana z budżetu państwa. Co i rusz wzbudza to duże kontrowersje. W 2006 r. Sejm przeznaczył na budowę Świątyni 20 mln zł. Zabrakło jednak podstawy prawnej i pieniądze nie zostały przekazane. Rok później Sejm próbowano ponownie – na podstawie senackiej poprawki przeznaczono na świątynię 40 mln zł z Funduszu Ubezpieczeń Społecznych (FUS). Tej dotacji również nie zrealizowano.
Znaleziono inny sposób na przekazanie dotacji – na budowę muzeum Jana Pawła II w podziemiach świątyni. Muzeum powstanie 26 m nad ziemią. Zajmie 2 tys. m kw. Zwiedzający będą mieli do przejścia trasę o długości ok. 250 metrów, głównie wśród wirtualnych witryn pokazujących najważniejsze wydarzenia pontyfikatów papieża i prymasa.
Więcej: POGRZEB Ryszarda Kaczorowskiego: były prezydent spoczął w Świątyni Opatrzności Bożej
Ministerstwo Kultury przekazywało na budowę Muzeum Jana Pawła II pod kopułą świątyni. Było to: 30 mln zł w 2008 r.; 4 mln zł - w 2012; 4 mln zł - w 2013 i 6 mln zł w 2014 r.
Zastrzeżenia do finansowania Świątyni Opatrzności z budżetu państwa zgłaszał NIK. Uznał, że Ministerstwo Kultury nie miało prawa dofinansowywać budowy świątyni. SLD zgłosił sprawę do prokuratury, ale z braku znamion przestępstwa stołeczna prokuratura umorzyła śledztwo.