Duchowny był badaczem kultury polskiej, szczególnie religijnej, na dawnych Kresach Wschodnich i II RP. Zajmował się też problemami Polaków w ZSRR. We Francji prowadził badania nad emigracją polską o czym napisał potem książkę. Jego teksty ukazywały się też w „Kulturze” paryskiej, gdzie pisał na temat Kościoła i Polaków w ZSRR, ponieważ w Polsce było to niemożliwe.
Na KUL wykładał od 1977 roku. Specjalizował się w historii Kościoła katolickiego w ZSRR i socjologii grup etnicznych. Swoje nauki głosił też w Wyższym Seminarium Duchownym w Ołtarzewie i w seminarium diecezji kamieniecko-podolskiej w Gródku Podolskim na Ukrainie.
Ksiądz Roman Dzwonkowski był też członkiem Komitetu Badań Polonii PAN, a także Polskiej Akademii Umiejętności. Należał do Rady Krajowej Stowarzyszenia „Wspólnota Polska”, którego celem jest niesienie pomocy Polonii i Polakom poza krajem. Na swoim koncie ma wiele książkowych publikacji.
W 2000 roku został odznaczony Krzyżem Kawalerskim, a w 2010 Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.