Uroczystości pogrzebowe kardynała trwały od czwartku. Wtedy to przewieziono konnym karawanem trumnę z ciałem Franciszka Macharskiego z bazyliki Ojców Franciszków na Wawel. Konduktowi towarzyszyły tysiące wiernych, a na Wzgórzu Wawelskim trumnę ponieśli m.in. strażacy, przedstawiciele bractwa kurkowego oraz górale. Na pogrzebie nie było kondolencji i przemówień. Przed rozpoczęciem mszy pogrzebowej odczytano jednak telegram od papieża, który tydzień temu, podczas Światowych Dni Młodzieży, złożył wizytę schorowanemu kardynałowi w Szpitalu Uniwersyteckim. "[Kardynał Macharski] przewodził Kościołowi w Krakowie w niełatwych czasach politycznych i społecznych transformacji, z mądrością, zdrowym dystansem do rzeczywistości, dbając o poszanowanie godności każdego człowieka, o dobro wspólnoty Kościoła, a zwłaszcza o zachowanie żywej wiary w sercach ludzi" - napisał papież.
Mszy żałobnej przewodniczył metropolita krakowski, kardynał Stanisław Dziwisz (77 l.), który mówił o swoim poprzedniku z najwyższą czcią i szacunkiem. - Kardynał Macharski uosabiał najlepsze cechy i wartości miasta Krakowa, wpisał się w jego historię. Nie tylko dlatego, że tu się urodził i zmarł, ale dlatego, że całe życie było z nim związane - powiedział Dziwisz w homilii.
Zmarły we wtorek kardynał Macharski kierował archidiecezją krakowską przez prawie 27 lat, a biskupem krakowskim został po Karolu Wojtyle. Był też jednym z najbliższych przyjaciół św. Jana Pawła II (+85 l.). To z jego nominacji był przez wiele lat rektorem krakowskiego seminarium, a później został metropolitą krakowskim.
Trumna została złożona w krypcie biskupów krakowskich, która znajduje się pod konfesją św. Stanisława. Kardynał Macharski spoczął obok swojego wielkiego poprzednika, księcia kard. Adama Stefana Sapiehy (+84 l.).