W 2009 r. trafił do pomorskiego rejestru zabytków, co miało wpływ na kształt modernizacji dokonanej w następnych latach. Przebudowa zakończona w 2012 r.
przywróciła budynkowi historyczny charakter. Jednocześnie wprowadzono nowoczesne standardy obsługi pasażerów. Odrestaurowano zdobiące wnętrza dworca malowidła ścienne i mozaiki. Część z nich odkryto przypadkiem podczas renowacji. Autorami prac byli twórcy słynnej szkoły sopockiej. Dzieła te czynią gdyński dworzec niepowtarzalnym w skali europejskiej.
Zobacz też: Polskie dworce coraz piękniejsze
Otwarty całą dobę obiekt położony jest w centrum Gdyni, w odległości 2 km od morza. Stanowi dogodny węzeł komunikacyjny. Pasażerowie mają także do dyspozycji punkty usługowe i handlowe. Mogą również korzystać z bezpłatnej sieci Wi-Fi.
W trosce o podróżnych powstało Nowe Biuro Dworca. Jego pracownicy oraz zarządzający obiektem menedżer dbają o jak najlepsze standardy obsługi podróżnych.
Dworzec jest przystosowany do potrzeb osób niepełnosprawnych i o ograniczonej mobilności.