Czesław Kiszczak odszedł z polityki w 1990 roku. Wciąż jednak był obecny w życiu społecznym m.in. poprzez procesy, które przeciwko niemu toczyły się aż do jego śmierci. W pierwszym procesie w 1996 roku został uniewinniony z zarzutu napisania szyfrogramu, który pozwolił milicji użyć broni wobec strajkujących, to decyzja ta została zaskarżona. W drugim procesie (2004) Kiszczak został wyrokiem sądu uznany za winnego przyczynienia się do śmierci górników. Sąd skazał generała na 4 lata więzienia (w wyniku amnestii złagodzono karę do 2 lat i zawieszono jej wykonanie).
Zobacz: Czesław Kiszczak RODZINA. Żona Kiszczaka - Maria Teresa Kiszczak, kim jest? WIEMY!
W styczniu 2012 Sąd Okręgowy w Warszawie uznał jego winę z tytułu członkostwa w związku przestępczym o charakterze zbrojnym (art. 258 § 2 Kodeksu karnego), wymierzając mu karę 4 lat pozbawienia wolności, łagodząc ją jednak na podstawie amnestii z 1989 o połowę, tj. do 2 lat oraz warunkowo zawieszając z uwagi na wiek i stan zdrowia oskarżonego na okres 5 lat. W czerwcu proces został zawieszony przez Sąd Apelacyjny z powodu stanu zdrowia oskarżonego. W 2014 roku sąd ten uznał jednak, że Kiszczak może uczestniczyć w rozprawach, przez co w 2015 wyrok stał się prawomocny.
Czytaj: Nie żyje Czesław Kiszczak!