Dzięki statusowi nadawcy społecznego Radio Maryja jest zwolnione z opłaty koncesyjnej wynoszącej 7 milionów złotych rocznie. Nie może jednak nadawać reklam.
Stacja nadaje je jednak, chociaż nie ma do tego prawa. Regularnie na jej antenie pojawiają się reklamy m.in. Wyższej Szkoły Kultury Społecznej i Medialnej, odbiorników satelitarnych sprzedawanych przez fundację Lux Veritatis oraz "Naszego Dziennika". Redakcja Radia Maryja utrzymuje, że nie są to reklamy, a jedynie informacje, które stanowią integralną część audycji. Toruńska rozgłośnia o. Rydzyka już kilkakrotnie upominana była przez Krajową Radę Radiofonii i Telewizji.