Shinya Yamanaka urodził się 4 września 1962 w miejscowości Higashiosaka. Studia rozpoczął na Uniwersytecie w Kobe, tam tez je ukończył w 1987 roku. Po studiach rozpoczął pracę w Szpitalu Narodowym w Osace, na oddziale chirurgii ortopedycznej.
Japoński lekarz jest dyrektorem Centrum Badań Komórki IPS w Instytucie Nauk Medycznych na Uniwersytecie w Kyoto, a także wykłada anatomię jako profesor na Uniwersytecie w Kalifornii (San Francisco).
Shinya Yamanaka est również obecnym przewodniczący Międzynarodowego Towarzystwa Badań komórek macierzystych (ISSCR).
Jego badania nad komórką macierzystą sprawiły, że w 2011 roku otrzymał Nagrodę Wolfa w dziedzinie medycyny, zaś obecnie jest nominowany do Nagrody Nobla 2012.