Zgodnie z instrukcją gen. Kazimierza Sosnkowskiego dla komendanta głównego ZWZ płk. Stefana Grota-Roweckiego, zanim organizacja mogła spełnić swoje statutowe zadanie, czyli chwycić za broń, powinna skupić się na "stosowaniu represji względem osób podtrzymujących z okupantami stosunki towarzyskie, organizacyjne i polityczne, aż do karania śmiercią w wypadku zdrady".
Śmierć zdrajcom
W oczekiwaniu na powstanie, mające się zacząć dopiero "z chwilą wkroczenia regularnych wojsk polskich do kraju", ZWZ poza rozbudowywaniem struktury zajmował się na podstawie wyroków własnego sądu polowego zabijaniem tych, których uznał za zdrajców. Kierując się przy tym zasadą "kto nie z nami, ten przeciw nam". Niejasne pozostają okoliczności śmierci płk. Janusza Albrechta, szefa sztabu Komendy Głównej ZWZ w Warszawie. Rowecki, po przesłuchaniu i wypuszczeniu Albrechta przez gestapo, oddał go pod sąd polowy. Ten wydał wyrok śmierci. Ofiarami ZWZ padali nie tylko zdrajcy i kolaboranci, ale i patrioci, niepochwalający metod stosowanych przez Związek. Również tacy, jak w przypadku organizacji Muszkieterów, którzy walczyli z okupantem niezależnie.
Kontrowersyjne wyroki
W instrukcji ZWZ podkreśla się, że "nie może być on w żadnym wypadku związkiem kilku organizacji pokrewnych". Intencje Sosnkowskiego zostały odebrane jako zachęta do zwalczania wszystkich, którzy ZWZ nie chcieli się podporządkować. Tak było w przypadku Muszkieterów, najlepszej polskiej organizacji wywiadowczej, mającej agentów w całej Europie, nawet w kwaterze głównej Hitlera. Ich twórcą i komendantem był Stefan Witkowski - uczestnik wojny polsko-bolszewickiej. Zachował się meldunek Grota-Roweckiego, w którym donosił do Londynu: "Wobec prowadzenia dwuznacznej gry z kontrwywiadem niemieckim, gestapo i wywiadem angielskim zarządziłem rozwiązanie organizacji Muszkieterów. Tenczyńskiego (pseudonim Witkowskiego) oddałem pod sąd, który skazał go na śmierć. Wyrok zatwierdziłem". Z dokumentów wynika, że niechęć dowództwa ZWZ do Muszkieterów wynikała z faktu, że "nie chcieli oddać się do jego dyspozycji". Rowecki oburzał się w listach do Sosnkowskiego, że Muszkieterowie, podlegając wprost Naczelnemu Wodzowi (Władysławowi Sikorskiemu), "będą mogli wyprawiać co im się podoba". Ta i inne podobne sprawy rzucają cień na ZWZ, sprawiając, że organizacja jawi się jako mroczna i niebezpieczna.