Wniosek w tej sprawie złożyła w grudniu 2010 r. rzecznik praw obywatelskich Irena Lipowicz. Dotyczył on dwóch ustaw regulujących kwestię zwrotu Kościołowi katolickiemu oraz gminom żydowskim odebranego im wcześniej majątku: ustawy o stosunku państwa do Kościoła katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej i ustawy o stosunku państwa do gmin wyznaniowych żydowskich w Rzeczypospolitej Polskiej.
Niepokój RPO wzbudziło to, że miasta, gminy i powiaty musiały zwracać własne mienie, a nie miały prawa odwołania od takich decyzji Komisji Majątkowej - co do Kościoła katolickiego - oraz Komisji Regulacyjnej ds. Gmin Wyznaniowych Żydowskich. Zamiast samorządów przed komisjami wypowiadał się rząd, a to nie on był właścicielem spornego majątku - podkreślała rzecznik.
Przez ponad 20 lat Komisja decydowała o zwrocie dóbr zagrabionych Kościołowi przez komunistyczne państwo. Decyzja o likwidacji Komisji miała związek z krytyką jej działalności: media podawały, że nie weryfikowano operatów, czyli wycen gruntów przedstawianych przez rzeczoznawców Kościoła - miały być zaniżane. Po jej likwidacji niezakończone sprawy trafiły do sądów. W całej Polsce toczy się ok. 120 procesów, w których przedstawiciele Kościoła i instytucji kościelnych domagają się nieruchomości albo odszkodowań sięgających setek milionów złotych.