Waszczykowski to były główny negocjator strony polskiej w sprawie umieszczenia w Polsce elementów amerykańskiej tarczy antyrakietowej. Tę funkcję pełnił w rządach Kazimierza Marcinkiewicza, Jarosława Kaczyńskiego oraz w rządzie Platformy Obywatelskiej.
Na początku sierpnia premier Donald Tusk odwołał Waszczykowskiego ze stanowiska wiceszefa MSZ zarzucając mu złą wolę i nielojalność. Zapowiedział też kroki dyscyplinarne wobec niego.
Decyzję premiera ogłoszono po wywiadzie byłego wiceministra dla "Newsweeka". Waszczykowski powiedział dziennikarzom tygodnika, że na początku lipca wynegocjował z USA "umowę w sprawie tarczy, która gwarantuje bezpieczeństwo Polsce", a rząd przeciąga negocjacje, ponieważ nie chce żeby ten sukces został przypisany prezydentowi i poprzedniej ekipie rządzącej.
Wiceszefem BBN do końca lipca był gen. Roman Polko. Złożył jednak rezygnację po medialnych doniesieniach m.in. o tym, że poprowadził płatny wykład dla bankowców, a także wystąpił w telewizyjnym reality show.