Patriarcha od kilku lat poważnie chorował, m.in. na serce. Niedawno wrócił z leczenia w Niemczech i nic nie wskazywało na to, że stan jego zdrowia aż tak nagle się pogorszy. Na wieść o jego śmierci cała Rosja pogrążyła się w żałobie.
Aleksy II, znany z niechęci do Kościoła katolickiego i Zachodu, na stanowisko patriarchy Moskwy i Wszechrusi został wybrany w lipcu 1990 r. Jego intronizacja odbyła się w moskiewskim Soborze Bogojawleńskim.