Oczywiście, skazani w procesie toruńskim członkowie Samodzielnej Grupy „D” IV Departamentu MSW, zwanej również „Komandem Śmierci” nie byli bez winy. Przez lata niszczyli Kościół, represjonowali duchownych i organizowali brutalne zbrodnie, które propaganda komunistyczna przedstawiała jako działanie „nieznanych sprawców”. Nie zmienia to faktu, że sterowali nimi towarzysze generałowie: Jaruzelski, Kiszczak i Ciastoń. Ci mocodawcy nigdy nie zostali osądzeni. A skazany Grzegorz Piotrowski i reszta morderców szybko wyszli na wolność dzięki amnestii. Dziś popierają KOD.
Odsunięty od sprawy prokurator Witkowski porównuje sprawę śmierci ks. Jerzego do pobicia ze skutkiem śmiertelnym studenta Grzegorza Przemyka w maju 1983 r. Wtedy rzeczywistymi sprawcami też okazały się inne osoby niż te, które wskazał Kiszczak. Witkowski był na tropie rzeczy fundamentalnej – stwierdzenia, że za śmiercią ks. Popiełuszki (i innych księży: Niedzielaka, Suchowolca i Zycha) stoi związek przestępczy o charakterze zbrojnym, z towarzyszami Jaruzelskim i Kiszczakiem na czele. I to właśnie ci czerwoni dyktatorzy powinni w pierwszej kolejności odpowiadać za tę oraz inne zbrodnie PRL.
Dziś Witkowski nie chce rozmawiać, zasłaniając się tajemnicą śledztwa. Więcej może ujawnić ks. Stanisław Małkowski, współpracownik i przyjaciel ks. Popiełuszki: „Wersję przedstawioną na procesie toruńskim odbieram jako próbę obrony ze strony Kiszczaka i Jaruzelskiego - chcieli odsunąć od siebie jakiekolwiek podejrzenia. Ja nie mam wątpliwości, że to oni są winni śmierci ks. Jerzego”.
Dopóki sprawa zabójstwa księdza Jerzego Popiełuszki nie zostanie rozwikłana, dopóty nie będziemy mogli mówić o normalnym, niepodległym państwie polskim, a tylko o PRL-bis. Dopóki nie zostanie zatrzymana przyklepana przy okrągłym stole abolicja dla komunistycznych zbrodniarzy, obowiązująca po dzień dzisiejszy, dopóty męczeńska śmierć ks. Jerzego pozostanie skazą na naszej narodowej tożsamości.