Duchowny po swojej śmierci został pochowany w krypcie Kościoła Matki Boskiej Łaskawej. W uroczystej mszy pogrzebowej wzięło udział ponad 100 tysięcy ludzi, także ci, którym zakonnik pomógł. W 1999 roku Jan Paweł II uznał go za błogosławionego, a trzy lat później odbyła się kanonizacja ojca Pio. Wzięło w niej udział około 300 tysięcy ludzi. Historia jego życia po raz kolejny zainteresowała katolików w 2008 roku, kiedy Kościół oficjalnie potwierdził, że w wkrótce zostanie przeprowadzona ekshumacja. 3 marca otwarto kryptę z ciałem ojca Pio. Komisja, która badała jego szczątki uznała, że zwłoki są zachowane w bardzo dobrym stanie oraz że nie ma żadnych śladów po stygmatach. Według włoskich mediów, ciało ojca Pio chciało zobaczyć 800 tysięcy ludzi.
Od 2016 roku ciało ojca Pio znajduje się w San Giovanni Rotondo.