Zdjęcie ekskomuniki z biskupów lefebrystów wywołało falę dyskusji. Powodem nie były jednak kwestie wiary, a wypowiedzi jednego z nich, Richarda Williamsona, który kwestionuje Holokaust. Krytyka spadła na Benedekta XVI również ze strony jego macierzystego, niemieckiego Kościoła.
Biskup Moguncji i były przewodniczący katolickiej Niemieckiej Konferencji Biskupów kardynał Karl Lehmann stwierdził, że papież powinien wyraźnie powiedzieć, że sprawa kłamstwa oświęcimskiego ma wielką wagę i... przeprosić za swoją decyzję. Ostro skrytykował także Papieską Komisję "Ecclesia Dei" do spraw dialogu z lefebrystami. Jego zdaniem, wobec odpowiedzialnych za rehabilitację Williamsona należy wyciągnąć konsekwencje, bez względu na to, czy przyczyną była niewiedza czy zaniedbanie.
Równie ostro ocenia Benedykta XVI niemiecka prasa. - To papastrofa. Papież popełnił w ostatnich dniach błędy, które poważnie zaszkodziły Kościołowi katolickiemu na świecie – pisze "Financial Times Deutschland".
- Watykan jest źle rządzony - ocenia z kolei "Sueddeutsche Zeitung". A "Der Spiegel dodaje: "Niemiecki papież kompromituje Kościół katolicki".
W obronę wziął Benedykta XVI biskup Kolonii kardynał Joachim Meisner. Jego zdaniem, dyskusja na temat "głupich i niewiarygodnych" wypowiedzi Williamsona całkowicie przysłoniła właściwy cel papieża, jakim jest jedność Kościoła.