Badania prowadzono pod auspicjami i na zlecenie Instytutu POLONIKA, państwowej instytucji powołanej dla ratowania i dbałości o materialne ślady polskości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej. Nieinwazyjna eksploracja podziemi kościoła polegała na wykonaniu geofizycznych pomiarów wraz z laserowym skanowanie. Takie metody stosuje się dziś we współczesnej archeologii. Użyto podobnych technik w 2017 r. skanując wnętrze piramidy Chufu (Cheopsa), odkrywając pustą przestrzeń. W Wilnie kilkuosobowy zespół prowadzony przez profesorów z Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie – Fabiana Welca (Instytut Archeologii) oraz Annę Sylwię Czyż (Instytut Historii Sztuki) wykonał pierwsze rozpoznawcze badania z wymienionym wcześniej skutkiem. To początek. Badania zakończono w maju, a obecnie są w tzw. opracowaniu naukowym. Na ich kontynuowanie trzeba pieniędzy i ludzi. Dowiedzieliśmy się od rzeczniczki prasowej Instytut Lukrecji Jaszewskiej, że zostaną one wznowione w przyszłym roku. Wówczas ma być m.in. zeskanowany cały kościół (tak współcześnie „archiwizuje się” zabytki).
To przyszłość? A co wiadomo teraz, po ponad dwustu wykonanych skaningach? Na ich podstawie, po analizie zarejestrowanych anomalii geofizycznych, jednoznacznie potwierdzono istnienie podziemnych galerii. Wykonane dodatkowo skanowanie laserowe umożliwiło uzyskanie dokładnego planu kościoła, który ujawnił nie tylko duże zróżnicowanie wnętrza, ale również fakt jak bardzo dotychczasowe rzuty świątyni były uproszone i dalekie od rzeczywistości – komunikuje Instytut POLONIKA. Archeologów interesują nie tylko krypty d. kościoła dominikanów. Zwykłych – nomen omen – śmiertelników interesują przede wszystkim tzw. miasto zmarłych. Dzięki przeprowadzonym badaniom udało się wskazać absolutnie unikatowe, bo dwukondygnacyjne, ceglane podziemia, których powstanie badacze wstępnie datują na czas po wielkim pożarze Wilna, w 1610 r.
– Ich układ powtarza zapewne kształt murowanej, pierwszej świątyni dominikanów. Krypty są lekko odchylone na osi południowozachodniej -pólnocnowschodniej i nie wiążą się bryłą kościoła, łączą się natomiast z mniejszymi komorami grzebalnymi o odmiennej i zróżnicowanej chronologii - wyjaśnia prof. Fabian Welc. – Nie wychodzą one jednak poza obręb naw głównej i bocznych oraz prezbiterium, gdzie znajduje się XVIII-wieczna krypta dominikanów. Podczas badań udało się także częściowo wskazać mury fundamentowe z czasów króla Aleksandra Jagiellończyka oraz biegnący poprzecznie do kościoła mur ceglano-kamienny, na głębokości niespełna 4 m. Na skarby, z odgrzebanych z zapomnienia krypt, nie ma co liczyć. Te katakumby to nie Dolina Królów.