Podczas piątkowego (20 września) posiedzenia sztabu kryzysowego we Wrocławiu, premier Donald Tusk wyraził zdecydowany sprzeciw wobec niemieckiej decyzji o wprowadzeniu kontroli na granicach, które, jak ostrzegł, mogą utrudniać prowadzenie akcji przeciwpowodziowej w Polsce. Na spotkaniu w Nowej Soli przedstawiciel Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad wskazał na potencjalne utrudnienia związane z korkami na przejściach granicznych.
Premier poprosił ministra ds. Unii Europejskiej oraz szefa MSWiA o jak najszybsze wyjaśnienie stronie niemieckiej. Podkreślił, że reakcja Niemiec była stosunkowo szybka, a wojewoda lubuski został poproszony o monitorowanie sytuacji na granicy oraz informowanie o ewentualnych utrudnieniach w ruchu granicznym. – Nie akceptujemy ich decyzji, że decyzja o kontroli nie może w żadnym wypadku przeszkadzać nam w akcji przeciwpowodziowej – powiedział premier.
Tusk podziękował także wszystkim za współpracę w obliczu kryzysu i zaapelował do samorządów dotkniętych powodzią o wskazywanie priorytetów, na które powinna być przeznaczona pomoc finansowa. Premier zapowiedział, że kolejna odprawa sztabu kryzysowego odbędzie się w sobotę rano.
Wcześniej minister spraw wewnętrznych i administracji, Tomasz Siemoniak, przekazał zapewnienia, że służby Polski i Niemiec dołożą wszelkich starań, aby kontrole graniczne nie powodowały zatorów w czasie zagrożenia powodziowego. Rozmowy w tej kwestii odbyły się na szczeblu ministerialnym.
W połowie października 2023 roku Niemcy zarządziły kontrole na granicach z Polską, Czechami i Szwajcarią. Pod koniec maja zostały przedłużone na kolejny okres, do 15 grudnia. Kontrole na granicy z Austrią obowiązują od 2015 roku. Od 16 września kontrole obejmą wszystkie kraje graniczące z Niemcami: Austrię, Belgię, Czechy, Francję, Danię, Luksemburg, Holandię, Polskę i Szwajcarię.